共同實驗室位於忠孝大樓一樓，是本院第一個成立的共同實驗室。於2005年5月開始籌備、規劃、改建及購買設備儀器。歷時一年，終於在2006年4月正式開始運作。
當初醫研部設立共同實驗室，是希望提供優質的研究設備與環境，鼓勵各科醫師們能積極從事基礎醫學研究，並將成果發表於SCI期刊論文或國際及台灣醫學研究相關研討會，以提升醫學研究之整體發展，達成『成為一流的醫學中心研究機構』的願景。
因此共同實驗室除了一些必備之實驗儀器、操作台面及細胞培養室外，還設置一些如Real-Time PCR、流氏細胞儀等貴重儀器。在當時，共同實驗室的設備儀器，對醫院、學校的同仁及學生提供了不少研究上的幫助。現在為了使用上便利及增加使用可近性，所以流氏細胞儀現在移置I棟六樓臨醫所，超高速離心機移置學校貴重儀器室。
共同實驗室隸屬於本院醫研部，目前有三位碩士級助理人員，負責實驗室研究及實驗室儀器設備之管理與維護，以提供良好研究環境。
儀器設備一覽表
緊急淋浴沖眼器、無菌操作台、微量吸取器、高壓蒸氣消毒鍋、離心機桌上型、桌上小型離心機、電磁加熱攪拌器、-20 ℃低溫冷凍櫃、-80 ℃低溫冷凍櫃、製冰機、4 ℃冷凍櫃、振盪器(多用途試管Voetex)、旋轉式振盪器、倒立顯微鏡、電泳槽、液態氮容器、二氧化碳恆溫培養箱、Real-Time PCR、聚合酶連鎖反應器、電子天平、電動吸取器、乾浴器、轉漬器、傅立葉拉曼光譜儀、純水系統、烘箱、化學通風櫥。
