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蛋白質核心實驗室 正式開始收費
蛋白質核心實驗室 正式開始收費
已運作三年的蛋白質體核心實驗室，在今年六月十五日起將正式收費，相關資訊可以參考研發處的貴重儀器組最新資訊。
收費標準為全國最低，也希望全校師生能夠多加利用此蛋白質核心設施以進行相關蛋白質體學術論文的研究。
目前蛋白質體核心實驗室有兩套質譜儀系統。一種為基質輔助雷射脫附游離法-質譜儀(Matrix Assisted Laser desorption Ionization-Mass Spectrometry, MALDI-MS)，另一種為電噴灑游離法 質譜儀(Electrospray Ionization-Mass Spectrometry, ESI-MS)。
目前可提供的服務包含:
1. MALDI-MS:可測小分子與大分子的質量，以及胜肽指紋圖譜鑑定(Peptide Mass Fingerprinting, PMF)。
2. MALDI-MS/MS:可測小分子的結構以及單段胜肽的序列分析。
3. ESI-MS/MS: 可測分子質量與結構分析。
4. LC-MS/MS: 分析蛋白質混合物經過水解後產生的複雜胜肽分析。
5. MALDI-IMAGING: 質譜影像技術。建議以含量高的小分子為目標物，進行小分子在組織上的空間分佈分析。
MALDI-MS: 此機種因為具有質譜/質譜功能，因此除了可以利用酵素水解蛋白質後產生的胜肽指紋圖譜進行單一蛋白質定性分析外，也可進行單一段胜肽序列分析。因此在蛋白質序列分析上，針對膠點挖取上的酵素水解胜肽，具有快速分析，高靈敏度等特性。
另一方面，由於所配備的雷射具有200 Hz, 10 µm光束直徑高頻率的特性，因此可進行分析物於生物組織空間分佈情形。因為蛋白質在離子化方面不易，以及後續定性問題，因此在質譜影像分析上，絕大部分研究開始導向特定小分子代謝物或是特定已知蛋白質在組織方面的影像分析。
ESI-MS/MS, LC-MS/MS: 每周四下午開放小分子的質量以及結構鑑定(直接注入分析，不經由液相層析分離注入)。
在質譜儀游離源中，都會面臨到分析物會互相抑制對方訊號的問題。若能先將複雜的樣品經過分離後再進入質譜儀分析，將可提高分析物的靈敏度。
因此可以直接銜接液相層析質譜儀的電噴灑法質譜儀，自然成了分析複雜樣品的主要分析平台。
LC-MS/MS分析一次樣品分析約需60分鐘(可視樣品複雜程度而增長或縮短)，但需包含分析管柱清洗時間(1-3小時)。
此外，需加上管柱阻塞以及因樣品汙染的風險。因此若非複雜樣品，大部分從二維電泳膠上取出的膠點，可以直接使用MALDI-MS分析即可。
本核心實驗室從二月開始進行兩台儀器的全面檢修，目前已可正常運作，且效能上皆有所提升(BSA 水解胜肽樣品定性靈敏度可到0.5-1fmol)。目前大部分蛋白質體實驗以電泳跑膠系統後，取膠點進行水解後再進行質譜儀分析。然而，雖然已有大量學術論文提供膠體內蛋白質水解(in-gel digestion) 以及溶液相蛋白質水解(In-solution digestion)實驗步驟的最佳化。
但還是建議各實驗室可以標準蛋白質(例如BSA)進行跑膠後水解的練習，以盡量降低樣品在水解、萃取步驟上的損失。而此BSA水解胜肽樣品，本核心實驗室將暫時不予以收費。
另外本核心實驗室也在過去兩三個月，進行此些實驗步驟的最佳化，屆時也將會開辦技術研習課程以提供二維電泳跑膠，膠體內水解、溶液相水解方法，水解胜肽純化(Zip-tip)的教學。也歡迎各實驗室的實驗人員有相關問題可前往核心實驗室討論。
研究方向:
本核心實驗室目前正在發展定量蛋白質體技術以提供在差異性蛋白質體(Expression Proteomics)上更快速且更靈敏的分析平台，此技術將可減輕傳統膠體電泳上的繁瑣步驟以及人力耗損。
陳朝榮
中西醫結合所 助理教授
醫學研究部助理研究員
蛋白質體核心實驗室
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